Das Direktorium der Kliniken Unterallgäu setzt sich zusammen aus dem Geschäftsführer, dem Ärztlichen Direktor, dem Pflegedirektor sowie dem Kaufmännischen Direktor.

Zu den Aufgaben des Direktoriums gehören insbesondere die Analyse des Gesundheits- bzw. Krankenhausmarktes, die Weiterentwicklung des Dienstleistungsangebotes des Kommunalunternehmens und seiner Krankenhäuser, die Kooperation der und Arbeitsteilung zwischen den einzelnen  Krankenhäusern, die Suche nach geeigneten Kooperationspartnern und leitenden Mitarbeitern sowie die Erlös- und Belegungssicherung. Außerdem zeichnet sich das Direktorium verantwortlich für die Organisationsanpassung und Restrukturierung, die Kostenoptimierung, die Rahmenvorgaben zum Qualitätsmanagement sowie das Weiterbildungsprogramm für die Mitarbeiter.